補助金活用の落とし穴とは？見えない事務コストと経営判断の注意点

コロナ禍以降、補助金は「返済不要の資金調達手段」として多くの企業に活用されてきました。

一方で、実務の現場では「想定以上に事務負担が重い」「補助金をもらうために本業が止まる」「結果的に経営判断を誤った」という声も少なくありません。補助金の本当の落とし穴は、金額や採択率ではなく、採択後に発生する見えないコストと経営の自由度低下にあります。

特に、少人数で管理部門を回している企業や、成長投資・事業承継を同時に検討している企業ほど、この影響は無視できません。

本記事では、補助金のメリット・デメリットを整理した上で、特に見落とされがちな事務負担コストを具体的に可視化し、さらにM&A・資本政策の観点から見た補助金の正しい位置づけについて解説します。

「とりあえず補助金を取る」という判断が、本当に自社の成長につながるのか。経営者・意思決定者にこそ読んでいただきたい内容です。

記事のポイント

• 補助事業の「目に見えないコスト」は資料整備等の事務コスト
• 補助金活用の際は、メリット・デメリット、コスト・リターンを把握しておく

補助金活用の「見えないコスト」とは？

補助事業を活用する際は、申請書を初めとした資料作成が必要となります。

申請～採択まで、申請書作成が主な事務作業となりますが、採択されてからもこういった事務コストは継続します。一般的な補助金の流れは、事業が採択された後に交付申請を行います。交付決定の後、事業が開始され、事業終了後、報告書や請求書を提出する流れになります。

請求書を提出する前に、人件費や旅費、謝金、会議費、外注費といった各費目の契約ごとに、「エビデンスとなる書類が揃っているか」「補助事業以外に経費が使われていないか」を確認する「確定検査」が所管官庁により行われた後に、額が確定し、請求書提出の流れになります。

例えば、販路開拓事業の一部としてHP制作を外注した場合を想定してみます。この場合、必要な資料は「仕様書」「見積書」「発注書」「納品書（納品物が発注内容と間違いがないか確認した検収印が必要）」「請求書」「支払いが確認できる書類（銀行振込受領書等）」が必要となります。

補助事業において、HP制作以外にも別の費用が発生する場合、その契約ごとに同様の書類を用意する必要があります。上記は外注費の例ですが、補助対象費目により用意すべき書類の種類・量は異なります。

このように事業にかかった経費が補助事業のために使われているということを書類をもって証明する必要があるため、補助金を利用する際には、こういった事務にかかるコストも含めて考えておく必要があります。

事務負担はどの程度かかるのか？

補助金の事務負担は、想像以上に工数を要します。一般的な中小企業のケースでは、以下のような負担が発生することが多くあります。

• • 申請書作成・資料準備

約20〜40時間（事業計画整理、数値根拠整理、添付資料作成）

• • 採択後の交付申請・実績報告対応

約30〜60時間（契約書・請求書・支払証憑の整理、報告書作成）

• • 確定検査・差し戻し対応

追加で10〜20時間発生するケースも少なくない

仮に、経営幹部や管理部門の人件費を時給5,000円とすると、 トータルで50〜100時間＝25万〜50万円相当の内部コストが発生します。

補助金額が100万円の場合 「実質的な純利益は半分以下」というケースも珍しくありません。

補助金活用のコストとリターンを比較する重要性

補助金は「もらえるお金」と捉えられがちですが、実際には申請・実績報告・確定検査といった一連の対応に、想定以上の事務負担と経営リソースを要します。

そのため、自社の状況に照らし合わせて「補助金による金銭的リターン」と「事務負担や制約による見えないコスト」を比較し、採択されること自体を目的化せずに判断することが重要です。

例えば、補助金額よりも事務対応にかかる工数や、補助事業に縛られることで生じる機会損失の方が大きい場合、結果として本業の成長スピードを落としてしまうこともあります。

「補助金が取れるか」ではなく、「補助金を使わない方が経営として合理的ではないか」という視点を持つことが、長期的な事業成長につながります。

補助金を使うべきか迷った段階で、経営全体の視点から一度整理してみませんか。

補助金を活用するメリット

補助金の最大のメリットは、返済義務のない資金として事業コストを直接的に圧縮できる点にあります。特に設備投資や販路開拓など、短期的には回収が難しい投資に対しては、補助金があることで一歩踏み出しやすくなるケースも少なくありません。

また、補助金に採択されることで、行政や第三者機関から事業内容を一定程度評価されたという「対外的な信用」を得られる点も見逃せません。金融機関や取引先に対して、自社の取り組みを説明する際の補足材料として活用できる場面もあります。

ただし、これらのメリットが十分に活きるのは、補助金を使うこと自体が目的化していない場合に限られるという点は、あらかじめ意識しておく必要があります。

補助金を活用するデメリット

一方で、補助金には構造的なデメリットも存在します。最も大きいのは、事業の自由度が大きく制限されることです。補助金は申請時の事業計画に沿って執行することが前提となるため、市場環境や経営判断の変化があっても、柔軟な軌道修正が難しくなる場合があります。

また、多くの補助金は「後払い」であるため、当面の資金繰り改善には直結しない点にも注意が必要です。補助金を前提に投資を進めた結果、一時的にキャッシュフローが悪化するケースも現場では見受けられます。

さらに見落とされがちなのが、これまで述べてきた事務負担という内部コストです。書類作成や実績報告に経営資源を割くことで、本来注力すべき事業活動が後回しになってしまうリスクも否定できません。

補助金は「タダでもらえるお金」ではなく、経営リソースと引き換えに得る資金であるという認識が重要です。

補助金ありきではなく、成長戦略・資本政策の観点から最適な判断を整理したい方はご相談ください。

M&A・資本政策の視点から見た補助金の位置づけ

補助金は、資金調達手段の一つではありますが、M&Aや資本政策とは性質が大きく異なります。

M&Aや出資は、

• 経営資源（人材・ノウハウ・販路）を一気に取り込める
• 成長スピードを加速させる
• 経営判断の自由度を維持しやすい

という特徴があります。

一方、補助金は

• 使途・期間が厳密に制限される
• 計画変更が難しい
• 実務負担が経営リソースを圧迫する

という側面があります。

そのため補助金は「成長戦略の主役」ではなく、「戦略を補完する手段」として位置づけることが重要です。

特に、

• 将来的にM&Aを視野に入れている企業
• 事業承継・株価対策を検討している企業

にとっては、補助金活用が中長期の資本政策にどう影響するかを整理せずに進めることは、リスクになり得ます。

補助金を使うべきか、使わないべきか。その判断は、単年度の資金繰りではなく、企業の成長・承継・出口戦略まで見据えて行うべきでしょう。補助金は経営戦略そのものではなく、戦略を下支えする道具に過ぎないという前提を持つことが、長期的な企業価値向上につながります。

まとめ｜補助金は事業成長を補完する手段として活用する

補助金は、事業拡大や投資を後押しする有効な制度である一方で、申請後には資料整備や報告対応といった見えないコストが継続的に発生します。金額や採択率だけで判断すると、結果として本業の成長スピードや経営の柔軟性を損ねてしまうケースも少なくありません。

重要なのは、「補助金が取れるか」ではなく、「補助金を使うことが自社の成長戦略・資本政策にとって本当に合理的か」という視点で判断することです。補助金は目的ではなく、あくまで事業成長や将来戦略を下支えするための“手段”に過ぎません。

もし、「申請にかかる工数や制約が見合うのか」「将来的なM&Aや事業承継に影響しないか」といった点で迷いがある場合は、早い段階で専門家に相談し、経営全体の視点から整理しておくことが、結果的に最適な意思決定につながります。

クレジオ・パートナーズでは、補助金の可否そのものではなく、中長期の成長戦略・資本政策・事業承継の方向性を踏まえた上で、補助金を使うべきかどうかを整理するご相談を多くお受けしています。補助金の申請ありきではなく、企業価値の向上や次世代への承継まで見据えた視点での検討をご希望の方は、お気軽にお問い合わせください。

クレジオ・パートナーズ株式会社広島を拠点に、中国・四国地方を中心とした地域企業のM&A・事業承継を、仲介およびアドバイザリーの両面から支援しています。資本政策や企業再編のアドバイザリーにも強みを持ち、地域金融機関や専門家と連携しながら、中小企業の持続的な成長と後継者募集をサポート。補助金や制度活用の知見も活かし、経営者に寄り添った伴走型の支援を提供しています。
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